Ciao,
se vedi com'è strutturata la pagina con i _frame_ che ti ho mandato puoi renderti conto che ci sono tre pagine html; quella principare è divisa in due parti e ognuna di queste parti richiama altrettanti file html (quindi intotale sono tre file). Lasciando intatti i primi due e posizionandoli nella root di Joomla puoi fare in modo che il _frame_ in basso vada a cercare il file index.php di Joomla invece di quello attuale ed il gioco è fatto...
Non ho fatto prove ma a lume di naso dovrebbe funzionare...
Ciao
Roberto