Difficile darti una mano in questo caso perchè, secondo me, il problema deriva da una combinazione di fattori dovuti all'insieme di elementi che sono presenti su ltuo sito. Già di per sè il fatto dell'header è strano assai e quello che mi viene inmente di controllare è che l'URL che punta al filmato flash debba essere assoluto ovvero con l'indirizzo scritto completo dall'http fino alla fine (nel caso sia inserito in formato relativo). Ad altro non mi viene in mente di pensare.
Ciao
Roberto

Risolto il problema

Avevo inserito per il reperimento dell' header animato nel file index.php un indirizzo relativo, era invece richiesto un indirizzo assoluto.
Sostituito questo, lo strano conflitto che avevo ipotizzato tra swf_object_ e i componenti di riscrittura indirizzzi, è sparito e tutto funziona correttamente sia con il seo di joomla che con sh404sef.

grazie Roberto

@Alixys

i SEF url hanno bisogno di alcuen accortezze per poter funzionare oltre al pannello di amministrazione

Rinomina htaccess.txt in .htaccess (lo trovi nella cartella in cui hai installato joomla)

Se il sito non è nella root ma in una cartella ad esempio

www.tuosito.it/cms

devi andare nel .htaccess e togliere il cancelletto (indica che l'opzione è commentata) e aggiungere la cartella

Rewrite_base_ /cms/

Se non dovesse funzionare ancora devi trovare la seguente opzione:
Options +FollowSym_link_s e modificarla in

#Options +FollowSym_link_s

ovvero la commenti.