Non ci dici a quale versione di Joomla ti riferisci, in ogni caso se hai la 1.5 puoi utilizzare
questo componente che permette di forzare la scrittura di un file direttamente da Joomla; io lo usavo qualche anno fa quando avevo il tuo stesso problema con un server vetuto quanto antiquato. Le moderne tecniche permettono di bypassare questo problema consentendo una sicurezza più adeguata. Infatti non è che muro la porta di casa mia con il cemento armato per farsì che sia impenetrabile... direi che se hai questi problemi forse è meglio che ti inizia a guardare intorno per cambiare parrocchia.
Ciao
Roberto